也觉得为难了好一阵。因为他知道库斯科被皮萨罗兄弟们占着，如果他回去，就得要与他们为争夺库斯科而争执不休。而这又是他非常不想去做的，因为他知道他争夺不过皮萨罗兄弟。这让阿尔马格罗很是沮丧和犹豫，但他还是听从了士兵们的强烈要求，决定停止远征，返回库斯科。因为他们不能老是呆在这里。这里既没有黄金，也没有他们所需要的东西。他决定重返库斯科城，利用国王的任命书来向埃尔南多讨要库斯科。
返回库斯科就必须要回师北上。但是，翻越巍峨高耸的安第斯山脉的种种经历已让士兵们惊魂丧胆，余惊未消。所以，他们不肯再次经历那种在冰雪高原的山巅的惊魂一幕，而是改为从沿海岸边取道北上，穿过阿塔卡马大沙漠。但是，这是一条与翻越崇山峻岭同样艰难冒险的路程。连绵五百公里的阿塔卡马大沙漠中寸草不生，一片荒凉，找不到一片可供行人喘息的绿洲。
特别是沙漠里的气温白天黑夜温差很大，使得士兵们九死一生，苦不堪言。他们带的食物和淡水很快就用完了。所以，他们只能靠抢掠来度日。沙漠上几乎看不到绿洲，可是，只要找到一块绿洲，见到一个村子，就会把村子洗劫一空，并把村子全被烧光，还把抓来的印第安人为他们当劳役，让他们像骆马一样为他们背负行装和物品。为了防止这些印发安人逃跑，西班牙人用铁链把这些印第安人串在一起。许多印第安人因为患有疾病或身体虚弱而不堪重负，直到筋疲力竭而倒毙在地。稍有反抗，便会被活活地烧死。
一天，他们来到了一个较大的印第安村庄，把村庄洗劫一空后，便开始抓人。他们把抓来的几十名印第安人用铁链锁在一起，好让他们为他们充当劳役。可是，傍晚时分，印第安人对住在村里的西班牙人发起了攻击，并把看守印第安人的三名西班牙人给打死了。等西班牙人发现之后，准备对印第安人发起攻击时，那些印第安人已经跑得不见影了。
阿尔马格罗非常恼火，就命令士兵到附近各地抓人。没过多久，他们就抓来了三十多位当地的印第安头人。为了对打死三名西班牙人的事件进行严惩，阿尔马格罗命令士兵把三十多位印第安头人押在一间他刚住过的屋子里，把他们捆在一根根木杆上，然后，再让骑兵把房门锁住，在下令让部队出发的同时，让骑兵放火把那间关着三十多位印第安头人的房子点着。可怜无辜的那三十多位印第安头人就这样被大火活活地烧死了。
看过阿尔瓦拉多士兵们的行径，都会谴责说他们的部队要比皮萨罗的队伍更凶暴残忍，可是，阿尔马格罗的许多士兵正是从阿尔瓦拉多的队伍招募来的。据说，阿尔马格罗对这些穷凶极恶的行径很不满意，并且尽其所能来管束他们。可是，他自己的所作所为并没有树立好的榜样。这种对一个无辜的种族所犯下的诸如此类的暴行是令人憎恶的，而对这些无辜的印第安人来说，他们除了殊死捍卫自己的乡土之外，何罪之有？
所以，这次远征智利，不但让阿尔马格罗的部队伤亡惨重，而且，还让他们背上了凶恶残暴的罪名。因为在他们一路走过的地方，东西全被抢光，村子全被烧光，那些被他们抓来的印第安人都被用铁链穿锁起来，为他们驮背物质，直到筋疲力竭，倒毙在地。稍有反抗，便会被活活地烧死。
欧洲人拥有无比优越的才能和战斗实力，因而把当地的印第安人看得与牲畜一样，天生就是供他们奴役的。所以，他们认为印第安人只有顺从的天然权利，而不能有任何形式的反抗。因为反抗对他们来说就是一种严重的罪恶，就得以牺牲者的鲜血来清洗。诸如此类的暴徒不只是西班牙人才有，凡是文明人和野蛮人打交道，不论是东方人还是西方人，其历史经常是用鲜血书写的。