开始在黑矶城北面的河南岸修建防御阵地，阵地设置在河岸南面两百五十步之外，而在阵地外的河岸上，第十一军的一个步兵师在这埋设了至少三万枚地雷。就算一枚地雷炸掉一个叛军，这也够三万个叛军“享受”了，而且一枚地雷往往能够炸死炸伤多人。
同时，东瀛中央军的几千工兵开始挖掘战壕，随后明军炮兵的爆破专家也开始帮助这些东瀛军人埋设炸药。当时，明军还没有专业的工兵队伍，而懂爆破的基本上都是炮兵部队的官兵。其实东瀛中央军也没有工兵队伍，只不过，他们主要的任务就是运送辎重，以及设置阵地，一次被朱祁钰戏称为工兵之后，明军就这么称呼东瀛中央军了。
东瀛中央军也接过了第十一军设置在黑矶城外的防御阵地，他们除了继续加强阵地的强度，设置更多的防御工事之外，也会偶尔组织一两次小规模的进攻，骚扰城内的守军。
第十一军的步兵撤到后方，除了准备最后进攻黑矶的任务之外，还充当了预备队。而第十一军的炮兵则分成了两部分。其中一大半来到了黑矶北面的防线后方，准备抵抗叛军主力，而另外一部分则留在了黑矶西面的炮兵阵地上，准备在步兵进攻黑矶的时候，为其提供炮火支援。
在南线部队准备进攻黑矶，抵挡叛军主力进攻的时候，朱祁钰也派人给近卫军与第一军传达了命令，让梁岳与谢正卿两人分别由守转攻，迫使叛军主力向南前进，进入第十一军的伏击圈，并且最终完成包围行动，在黑矶城北面歼灭叛军！
可以说，此时战场上的气氛是非常紧张的。黑矶城内的叛军发现东瀛中央军在挖掘通忘城墙的战壕时也弄清楚了对方的意图，不过他们却没有太多的办法。一是明军的炮兵占有绝对优势，所有上到西城墙上的叛军都将遭到明军的炮火压制，更别说出城迎战了，那完全是去送死。二是东瀛中央军在挖掘战壕的时候，采取了明军的办法，即在进入了守城叛军的火力打击范围之后，将战壕挖得更深了，然后用厚度超过了三寸的木板盖在上面，同时在木板上还铺了一层湿润的泥土。这样，就算叛军的炮弹直接打在木板上，也不会造成太大的伤亡，而且叛军的火炮根本就不敢上城墙上来，在城内的抛射，准确度就降低了很多，很难直接命中。另外，叛军也难以用火油来对付战壕里的中央军。
当天晚上，叛军组织了一次反击，两千多死士冲出城来，准备摧毁东瀛中央军修建的战壕。不过，这两千多叛军确实都成了死人，早就守在外面的明军步兵，以及东瀛中央军官兵毫不客气的将这两千多叛军给消灭掉了。
第二日一早，战壕就修到了距离城墙不到五十步的地方。叛军也疯狂的行动了起来，将一且认为可以对付战壕的办法都用上了，甚至从城墙上抛下巨大的石块，任何可以砸垮战壕上的木板！不过，这全都是徒劳的举动，当叛军想到用火烧的时候，在城墙附近的战壕上早就堆满了叛军扔下来的石块，砖头，原木等等。结果，火烧也没有烧出个结果来！
当朱祁钰赶到前线观战的时候，一百名日军中央军的士兵正鱼贯进入战壕。他们每人都带了一个装着十斤炸药的炸药包。在进入战壕之后，他们按照明军爆破专家的要求，将炸药包按照规定的方式堆在了战壕的最前端，即靠近城墙根部的地方。当一百个炸药包都堆好了之后，明军爆破手引燃了导火索，同时战线上的进攻部队也进入了进攻阵地，炮兵则开始炮击城墙两端的叛军。
当巨大的爆炸发生的时候，朱祁钰微微的笑了起来。硝烟散去的时候，黑矶城东面城墙靠近城门的地方，已经被炸出了一段大概有二十丈宽的缺口，而第一批进攻的东瀛中央军已经从阵地里冲了出去，在他们身后，早就已经组织好了第十一军的明军步兵也开始推进了……