寇都召集到了南面的小港口附近，然后集体向明军投降了。
当时，陈懋无无法判断是不是所有日寇都已经投降，所以还专程派人送去了一批物资。在收缴了这些日寇的武器，将其统一看押起来之后，让日寇饱餐了几顿，也浪费了一些粮食。然后，再找几个没有多少戒心的日寇军官，去将那些躲在岛上腹地的日寇都找出来。
这一招确实收到了效果，三日之内，近两千名躲在岛上的日寇见到明军没有杀害他们的意图（此时，严广儒还没有在对马岛上大开杀戒呢），而且还优待俘虏，加上一个个也饿得不行了，就干脆都放下了武器，主动向明军投降了。
等到这些俘虏都被看管了起来之后，邓茂的第一军对整个壹歧岛扫荡了一遍，将最后一些还没有投降的日寇铲除了之后，第一军撤到了港口，而陈豫的第二军则已经将日寇给围了起来，卫平的第三军则在加快速度部署，巩固第二军的防线。
当日寇发现气氛不对的时候，已经太晚了。当天晚上，明军在食物中下了毒，大部分日寇都被毒死，一些警惕性较高，没有急着吃饭的日寇虽然没有被毒死，不过等待着他们的结果是一样。在天黑之后一个时辰，所有日寇都完蛋了。当天晚上，明军连夜清扫屠杀现场，本来所有的尸体都准备掩埋的，可是尸体太多，根本就埋不完，而且明军还要留下精力在东瀛本土登陆。到最后，不得不将没有来得及掩埋的尸体全都抛入了大海。也正是如此，后来东瀛人才会记载明军在壹歧岛大屠杀的事情，当然，明帝国的正史中绝不会记载这样的事情，而是说这些日寇都是负隅顽抗，最终被消灭的！
打下了壹歧岛之后，第一军团在岛上休整了两日，一方面是士卒长途跋涉，都非常的疲惫，而且很多陆军官兵不适合海上航行，出现了严重的晕船现象，到了壹歧岛，很多人都被折磨得没有一点人样了。另外，当时大批的运输船已经返回了釜山港，准备将更多的物资运送到对马岛，好支持明军的进攻行动，没有足够的船只将登上壹歧岛的第一集团军运到东瀛本土去。
陈懋也不得不下令在这里暂时停了下来。不过，李舜臣指挥的西面舰队就没有歇着，而是趁第一集团军在岛上休整的机会，迅速率领舰队南下，杀向了日寇本土港口。
当时，东瀛的主要港口都集中在西部地区，特别是以长崎为中心的九州岛，一直是东瀛海上贸易发展得最为迅猛的地方。小西家族就是长崎的大商人家族，是东瀛最出名的商业家族。而在九州岛，四国岛，以及本州岛之间的濑户内海更是东瀛航海业最发达的地区，集中了大量的港口。
当时，东瀛九州，四国与本州三岛之间的交通完全依靠海上航线。而织田信长以霹雳手段征服了东瀛西部地区之后，九州，四国两地都成了西军的大后方。当时，日寇使用的火器，出了战前从明帝国购买的之外，大部分都是靠商人从南洋买回来的。明帝国出口到南洋的火器远比出口到东瀛的多。而很多南洋国家见到东瀛商人千里迢迢的赶到他们这边来买火枪，也立即看准了这个机会，做起了二道贩子来。
同样的，九州，四国两地也是东瀛重要的粮食产地，是因为这两地位置比较靠南，气候更温暖一些，而且沿海平原也不少，有大量适合耕种的肥沃土地。可以说，出了织田信长的老家尾张之外，九州与四国是东瀛最富庶的地方。当时，织田信长放弃了东进夺取关东平原的机会，而是南下进攻九州与四国，也正是看到了这一好处。
显然，九州与四国对西军来说是非常重要的，这也是为什么朱祁钰要分兵两路，让陈懋率陆军主力进攻九州的原因。只要打下九州，那就相当
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