省之后，吏部成为了最重要的衙门，而吏部的职责是管理天下文官的任免，升迁等等事务。说白了，吏部的官员就是管理天下百官的，因此吏部官员也有“天官”之称！这样一来，行政与司法两权仍然没有分离，因为司法官员也都由吏部任免，这怎么分离？在这种情况下，各部官员，乃至监察院，大理寺等以司法为主的部门的官员也都相互勾结，结党营私，朱元璋当年苦心建立的政治制度，几十年不到，就失效了。这也正是他没有将行政与司法权完全分开造成的！
这次，朱祁钰做得很彻底。要完全将行政与司法权分开，最直接，也是最重要的办法就是提高司法部门的地位。以往，监察院的最高官员也就是四品，而大理寺卿也是四品，比起各部尚书，侍郎都差得很远。让四品官员去调查二品官员，这本身就不现实！另外，司法机构中，执法，检察，审查三权并没有分开，因此司法程序并不完善。最重要的是，执法大权掌握在政府官员手里，也就是行政官员手里，就算是审查与检察这两关能够做好，执法不到位，那也是白搭！
朱祁钰将监察院改为了检察院，并且将检察院主检察长提升为正二品官员，由权调查政府一切官员。另外，将大理寺改组为最高法院，主掌审查权，任何重大案件都必须经大理寺审核，才能最终定案。而大理寺卿也被提升为正二品，极大的提高了司法机构的权威！
最重要的是，朱祁钰将执法权从地方行政官员手里夺了下来，单独成立执法部门，即警察总局！最初的警察人选其实就是从锦衣卫里挑出来的。另外还在政府中专门设立了警察部（后改名公安部）。这就让执法这一层成为了司法与行政两大机构中的一个过渡部门，执法官员既是行政官员，也是司法官员，其双重身份，决定了其重要性！
成立了最高法院（下直属各省，府，县地方法院），最高检察院（下直属各省，府，县地方检察院），警察部之后，朱祁钰就已经将行政与司法完全分开了。而这对当时的朝廷官员（也就是后来的行政官员）来说，绝不见得是件好事。毕竟，多年以来，司法权都在他们的掌握之中，是他们用来对付百姓的武器。现在，这把武器被朱祁钰夺走了，反而将矛头对准了他们，这些官员能安心吗？
可以说，改组行政部门是麻烦最大的事情。在朱祁钰之前，大明的行政权主要集中在了以吏部为首的中央六部手里，其中，户部总管天下户籍，田土，资源等。礼部总管礼仪，祭祀，以及外交。兵部总管军队事务。工部总管军器制造，防洪防汛，道路建设等。刑部总管司法等。
现在将司法大权分了出去，且皇帝一手掌握了兵权，而商人也获得了更大的权利。因此，兵部，公布，刑部这三部已经名存实亡了！另外，吏部作为总管官员人事安排的部门，在朱祁钰的新政府中是没有任何地位的（这也是为了防止像王直这样的人出现），礼部更是没有任何的价
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