整顿边关。淘汰老弱，训练士卒，修缮战具。
结合兵部的主张，沈觉非最后决定将军政分开。巡抚管理地方政事，兼有检察权力；而总督者署理军务，不管地方政事。设立蓟辽﹑山西山﹑西三总督，分别统辖辽东蓟镇等九边，防备蒙古。由兵部管理。
而在南方者没有大的变化，仍然继承传统。只是在一些要冲地带设立镇，以总兵统之。兵源由各地卫所抽调，武器，军饷均有中央政府支付。统辖也改由为兵部，不受五军嘟嘟府和地方官吏的约束。
本来沈觉非还想设立类似总参谋部之类的机构，建立军校，但是身边缺乏人才，只得罢了。不过却有一件意外之喜，一次和戚继光闲谈，说道俞大遒精于水战，现在赋闲在家。沈觉非本以为俞大遒已经去世，闻知大喜。立即诏命起复俞大遒，用为江南水师提督，全权负责组建大明江南水师，职位权限一同戚继光。
如此一来，银子花得更多了，内库很快没了沈觉非恨不得将紫禁城中文物那出去买了筹集军费。
设立河道总督和漕运总督的奏请也得到批准。
张居正提出的大开海禁保护海外子民和整顿驿站两项主张，深的沈觉非赞同，在看了具体的举措后，批示了一个“完全同意。”
沈觉非明白所有这些举动都还在文官系统可以接受的范围，没有超出当时人的认知范围。阻力虽然会有，但占据了道义制高点的自己，加上张居正的铁腕推行，成功的可能性很大。至于流血牺牲，本是免不了的。
试问，那一个帝国不是在血与火中诞生的呢？
如果这么一点激荡经受不住，还谈什么千秋霸业！
在经过多次修改后，万历二年六月初十日，万历皇帝发布了后世著名的《国事诏》。
《国事诏》不仅规划了明朝以后五年的发展，也实际上是张居正改革的纲领和标志，确立明朝的发展方向。
对《国事诏》的影响，后世史学家公认为“它挽救了一个将要没落的帝国。虽然实际的过程相当的血腥，但是如果没有它，我们也许会被野蛮人征服，三千年的文明也将中断。”
《国事诏》颁布后，就遭到了强大的反对。不少大臣纷纷上书，对于这些人，张居正毫不手软，全部罢斥。被罢斥加上自动引退的官员一共有三百多人，朝廷为之一空。然而，反对之声一直没有停歇，直到万历十年张居正去世。