威慑不法；同时开垦荒地，实行屯田，以自给军需。在新疆将军辖下，帝国派遣超过五万的精锐镇守地方。喀什为南疆重镇，前叶尔羌贵族势力雄厚，驻扎有帝国禁卫军的一个精锐旅，其他重要隘口和城市，也驻扎着军队。伊犁将军辖下，驻军要少一些。
即便如此，隐患也没有消失。新疆伊犁两将军辖下疆域太广，人口众多，民族杂居，风俗迥异，帝国驻军虽多，却不能完全控制局势。近年来，此起彼伏的暴动，就令驻守官兵劳心劳力。这些暴动规模虽然不大，却极难根绝。往往是由极小的事引发，迅速发展成数百人上千人的暴乱，暴民们捣毁衙门民居，袭击汉人，抢夺财物，并在军队赶来之前一轰而散。为维护帝国尊严和法制，驻军必须对暴民加以惩罚；严厉的搜捕行动，进一步恶化了驻军和回民的关系，让一些野心者有了可以利用的民间情绪。再这些人的挑动下，更大规模的变乱发生了，好在驻军反应迅速，以雷霆之势镇压下去，处死数百人之多。
可是，新疆上空的乌云更浓了。大量的汉人和商旅开始离开，一些已经开垦的农田放弃了。随军的军属开始有计划的转移到与甘肃接壤的吐鲁番和哈密，那里是帝国征西大将军的驻地，是帝国西部军队的训练营和大本营。整个地区的回回人早已经被驱赶到南北疆，因此比较安全。万历三十七年，在吐鲁番和哈密设立军镇，负责收集西域情报；训练将要进入西域的军队，使之适应西域的水土人情；储备军需；为将士疗伤修养之地。同时设立的军镇还有负责蒙古方面的开平镇；负责东北和朝鲜方面的铁岭镇；负责东洋方面的肥前镇；负责南洋方面的坤甸镇和负责缅甸安南方面的澜沧镇。
山雨欲来风满楼，高峻对形势有着清晰的认识，故而才亲自巡视炮台，以防万一。但是，在这大势面前，他可以做只有：直面困难。