大搜捕，信徒的宗教活动亦被禁止。汤若望被平反后，被捕的二十余位宣教士仍被关押在广东，各省仍禁止天主教活动。于是，在京神父们采取了一项大胆的行动，决意辞去历官职务。康熙知道他们的用意，便派国舅佟国纲慰留，并且告诉他们姑且忍耐等待，因为朝中尚有许多反教的人，骤弛禁教令恐有不妥。神父们因而知道皇帝并无仇教之意，便达致谅解。
直到1670年，康熙才颁布开释宣教士的上谕，一方面准许广州25位教士各归本堂，一方面不准添立教堂，也不准中国人入教。虽有诸多限制，但宣教工作终归又可以合法展开。康熙帝对南怀仁十分信任、友好和尊敬，且对其他宣教士也十分友好和宽容，历次南巡，所到之处，经常召见宣教士，询问他们的生活与工作。1693年，康熙患疟疾，太医久治不愈，宣教士张诚送上南洋带来的奎宁，一服而愈。为表谢意，康熙赐地建堂，名“救世主堂”，即今北堂前身。宣教工作在康熙朝前40年，取得较大进展。
二、礼仪之争
正当在华宣教事业进展顺利之时，教会内部却因礼仪问题发生争执，史称“礼仪之争”。
《新天主教百科全书》给“中国礼仪之争”的定义有三方面的内容：一是士人祀孔；二是家人祭祖；三是中西文中间有关基督教上帝的语义和语源学的争议，称“译名之争”。“译名之争”最早发生在耶稣会士之间。简单地说，就是在中文中如何正确地选用适当词汇来翻译神的名。是用“天”、“上帝”，还是用“天主”。在华的几十个传教士之间有不同的看法，展开了神学讨论。时至17世纪30年代，“中国礼仪之争”扩大到天主教内部。关键问题仍然是：按天主教教义来看，在中国士大夫和民间流行的“祭孔祀天”礼仪是否属于异端？教会能否对已经皈依天主教，并参加教堂生活的中国教徒的祭祖习惯加以容忍？
这场争论在中国和欧洲逐渐涉及不同态度的四方人员：1、为中国礼仪抗辩的耶稣会士，以及由他们带领的中国信徒；2、强烈反对耶稣会的其他修会，包括多明我会、方济各会、奥古斯丁会、巴黎外方传教会；3、对在华各派传教士的纠纷难下判断，而又必须做出裁决的罗马教廷；4、因外国教士和教皇干涉中国事务而终致恼怒的康熙皇帝。
这场争论的后果是极不痛快的，争论中任何一方都未在随后发生的事件中获得什么。相反，各个修会都被中国皇帝逐出境外，罗马教廷几乎丧失了经历150年艰辛开辟得来的中国教会。而所有对西方文明有兴趣的中国人，从皇帝到士大夫及基督徒，也失去了接触西方文明的机会。
“中国礼仪之争”正式爆发首先是在福建。由于主持当地教会的耶稣会士艾儒略全面继承了利玛窦的传教路线，被当地教内外绅民誉为“西来孔子”。他对中国文化采取了十分开明的做法，包括允许教徒们进祠堂、入孔庙。各地的中国信徒仍然保持着利玛窦时期的旧习惯。这种宽容做法引起方济各会的反对。1633年，方济各会士李安堂到达福建宣教，他对耶稣会神父们居然容忍教民奉行异端大感震惊，便联合多明我会反对耶稣会的做法。
多明我会在欧洲是神学权威，长期以来，他们主持教廷的宗教裁判所，对裁判异端特别有发言权。但是多明我会对中国文化问题缺乏内在的观察，也没有儒家士大夫作朋友，且宣教重点在南洋群岛，台湾、福建是他们的延伸部分，在中国内地也没有宣教士。上述这些对他们的影响是双重的：一方面是对中国的文字传统缺乏了解；另一方面是对福建地区格外严重的『迷』信活动感触尤深。
宗教裁判所里的多明我会神学家们很少来过中国，他们对中国礼仪问题的看法基本上是在欧洲形成的。当时欧洲人对中国文化的认识，基本上源于《利玛窦中国札记》和另一本西班牙人拉达写的《菲律宾群岛的征服-记大明的中国事情》来了解。前者代表耶稣会的观点，赞同儒家礼仪。拉达是奥古斯丁会修士，到过福建，对中国礼仪大惊小怪，他的描写对当时固执己见的欧洲人是触目惊心的。多明我会开始发动礼仪之争时，焦点正是集中在拉达最初提到的偶像问题上。他们坚持问：中国人在祭奠先人时，为什么要把三杯酒中的第一杯酒洒在地上？为什么会相信人死后，灵魂会在天上、地下和牌位之间来来去去？为什么中国人见到什么神的牌位就跪拜下去？按基督教神学观念，这些确实不合教义。耶稣会很难回答。
争论开始只局限在远东进行，在福州、广州、马尼拉，在耶稣会表示不合作之后，马尼拉主教决定把矛盾上交到罗马。1645年，教廷的宗教裁判所的神学家根据在闽宣教的多明我会莫若翰的一面之辞，作出了有利于西班牙会士的决定。这份被认为是罗马教廷关于“中国礼仪之争”的首号文件，对耶稣会极为不利，且没有妥协余地。但根据现存的中西文献看，它在中国内地没有马上产生很大影响。显然当时中国正处于战争状态。
1654年，耶稣会士卫匡国为“中国礼仪之争”专程赴罗马申辩，他解释说，中国人的祭祀只是一种
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