大西洋联邦宇宙军实行典型的军政，军令分开体制，其行政管理和作战指挥系统各自相对独立。联邦海军部是最高行政领导机构，隶属大西洋联邦国防部，主要负责制定宇宙军的战略规划、经费预算、政策法令、军官普升和后勤管理等事务，没有作战指挥权。
大西洋联邦宇宙军作战部是大西洋联邦海军最高军事职能部门，隶属联邦宇宙司令部，作战部不直接指挥部队作战，平时主要负责宇宙舰队的行政管理、军事训练和制定装备发展计划，战时向各舰队司令部提供作战部队。联邦宇宙军的作战指挥由其所在的舰队司令部组织实施。宇宙司令部作战部长是宇宙军最高军事首长。直接对宇宙军司令长官负责，宇宙军作战部队实行行政编组和任务编组双重组织体制。
行政编组，也称舰队编组，是宇宙军的永久性编组。大西洋联邦宇宙作战部下辖第1，2，3，4，5，6，7和第8舰队，第1，2，3，4，5，6舰队司令长官为少将军衔；第6，7，8舰队司令长官为准将军衔，参联会驻月球中央司令部司令长官为中将军衔，中央司令部分别下辖航空兵部队司令部、特殊舰艇部队司令部、陆战部队司令部。所有兵种司令部对所辖部队无作战指挥权。主要负责所辖部队的行政管理和物资技术保障，实施人员调动、分配、后勤保障及组织训练。其中空兵部队司令部、特殊舰艇部队司令部
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