元年之前，廖永安兄弟和俞廷玉父子组建的巢湖水师，实际上跟朱元璋的和州军一样，都是一支独立反抗元朝的义师。
但在龙凤元年，元朝二十万大军围困巢湖。巢湖水师承受了巨大的压力，但依然拒绝接受招抚。
此时，廖永安等人听说朱元璋正在江北，而且麾下是一支战无不胜、秋毫无犯的王者之师。便派俞通海突围过江，表达投奔之意。
这时的朱元璋的义军势如破竹，他审时度势，决定渡江谋取集庆路，也就是现在的南京，一举奠定王霸之基。
但想要攻打集庆，就必经过渡长江，朱元璋正苦于没有水师舰队，在江北望而兴叹。听说巢湖水师要来归顺，乐得他一蹦三尺高，连喊数声‘天助我也’！
因为巢湖水师拥有上千艘战船、近两万部众，数万石粮食、以及最宝贵的——众多身经百战的水军骁将，这些全都是朱元璋急缺的，他能不乐开了花？
于是朱元璋亲率徐达等几员大将来到巢湖，跟廖永安等人会盟，决定两军联合，合作组成一支联军！
补齐最后一块短板的朱元璋如虎添翼，一举攻占集庆路，改名应天，自此彻底成为有资格逐鹿天下的一方诸侯！
所以从一开始，双方其实是联盟来的。
用后世的话说，就是人家是带资入股的小股东，而不是像徐达这样的高级打工人。
再加上巢湖水师确实拼命，廖永安、俞廷玉、俞通海等首领相继为朱元璋的大业捐躯，是以朱元璋一直默许他们保持相对的独立性。
不过那都是建国前的事情了。建国后，大明就只有一个老板，那就是朱老板了。
而且朱元璋相继收编了方国珍、陈友定的水师，已经不再像从前那么依赖巢湖水军了。
偏生巢湖水军那些有远见、约束力的头领都已身故，新一代领袖廖永忠看不清形势，依然想保留自己的独立王国，不愿融合进大明水师当中。
他还放纵部下家奴大肆贩运私盐，结果触犯了淮西勋贵的利益，最终招致身死。
廖永忠死后，中书省开始在全国大肆打击私盐贩运，这些巢湖勋贵不知多少家奴部曲被抓，不知多少
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