大蛇丸, 让他回心转意。可是自来也失败了, 失去了两个共生死的挚友。
波风水门上任四代火影，自来也回到了村子，给波风水门未出生的孩子取名为“鸣人”。出自自来也自己写的《坚强毅力忍传》。好景不长，在面具人带土的干扰下，波风水门和漩涡久幸奈用生命封印住了九喇嘛，两人双双离世，自来也又失去了自己最爱的两个后辈。
三代火影被大蛇丸杀死之后，自来也带着鸣人出村历练，并寻找纲手，一路上自来也教会了鸣人螺旋丸、通灵术这些，并且成功与妙木山签下了契约。在找到纲手之后，凭借着鸣人和纲手的赌注，将纲手带回木叶村成为了五代火影。这一次，自来也失去了自己最敬爱的师傅。
后来宇智波佐助叛逃，鸣人又一次踏上了和自来也一起的旅途。这一次和上一次一样，自来也教给了鸣人包括价值观，忍术的基础，还有亲情这一切的一切。在地知晓组织抓捕尾兽的计划后，自来也开始追踪晓组织，在弄清一部分情报之后，决定只身前去查探。在去之前，他和纲手见了面，表白说了一半，就走了，和纲手下了赌约，因为纲手十赌十输，就赌自来也会失败。没想到纲手赢了，自来也被六道佩恩杀死了，弥留在-->>
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大海之中。纲手赢了，赢了她这辈子唯一一次想要输的赌局。自来也输了，但在死前仍然让深作仙人赶回木叶传递情报。
自来也的一生有很多的失败，没能挽回挚友，没能救下徒弟，没能帮助师傅。但他也是一个真正的豪杰。没有沮丧，没有失意，有的只是无畏往前的精神。传递着木叶的“火之意志”，四代火影和七代火影皆是出自自来也的教导。
游龙当归海，海不迎我自来也。
落叶当归根，叶不迎我三仙人。
猛虎当归山，山不迎我大豪杰。
云鹤当归天，天不迎我妙木仙。
山海归其一，不迎我便自来也！
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