儒生萧望之做太子老师，使太子连“谒者召致廷尉”是什么意思都不解。在“乱我家者必太子也”的叹息声中，刘奭即位成了汉元帝。元帝因身体不好，不能经常上朝理事，必须在身边找个既能体察他的心意又能日夕不离的人，而石显熟稔事务、精通法律、精明能干，又善于揣摩元帝的心意，弘恭死后被提拔当了中书令，掌握机要文献。
石显报复性极强，凡得罪过他的，他绝不放过，且总能找出法律依据，让人有苦说不出。萧望之，元帝当太子时的老师，汉宣帝指定的元帝的辅政大臣,因上书反对宦宫专权，被石显视为仇人。有回萧望之弹劾外戚车骑将军史高和侍中许章，石显认为时机到了，找来与萧有隙的两个人向元帝上书，诬告萧搞阴谋离间皇帝与外戚的关系；接着又趁萧休假之际让人向元帝上奏章，元帝将此事交石的同伙太监弘恭处理，面对弘的询问，萧十分老实地居实回答“外戚当权，多有不法之处，扰乱朝廷。我之所以弹劾，是想整顿朝纲，决非阴谋、也不是离间”。可是萧既然承认了想整治外戚的事实，怎么理解，是石、弘的事了。他们在向元帝报告时说，萧结党营私，多次进攻朝中大臣，目的是独揽大权，请皇帝“谒者召致廷尉”（其实就是逮捕入狱）。元帝即位不久，见这几个字也不甚明白，就批准了。过了好久，元帝因见不到萧，就在朝上问起，才知萧已入狱。因是自己批准的，元帝也无法责备，只是催着要放萧并复职。石显对元帝说，您才即位就关了自己的老师，大家总认为是有充分理由的，要是无缘无故放了，等于承认皇帝错了，会影响您的威望。元帝听了觉得有理，就下诏释放萧，但革职为民。过了几个月，元帝觉得有点过意不去，又下了诏令封萧望之为关内侯并准备让他当丞相，想不到此时萧望之在朝内当散骑中郎的儿子萧汲认为皇上既然又重用父亲，就上书替父亲上回入狱之事鸣冤，反使元帝恼羞成怒了，下令调查，石显就趁机对元帝说：“萧望之当将军时，就排挤皇上亲近的大臣，仗着是皇上的老师想独揽大权，那时就该治他的罪。现在皇上封侯赐官，他不仅不感恩，反而心怀不满，纵子上书，实在太不应该了。不送他到监狱清醒一下，将来朝廷怎么能用他呢？”元帝觉得萧望之年岁大了，怕不堪受辱会自杀，石显却道：“上次入狱他都没有自杀，这回只是犯了言语之罪，他更不会自杀了。”于是元帝批准逮捕萧望之。石显立即派人包围了萧家，萧望之说：“我做过将军，现已快七十岁了。以我的资历和年龄还要受辱入狱，再活在世上也太卑下了。”就服毒自杀了。
可萧望之毕竟极有名望，他的死朝廷内外议论纷纷，石显为了逃避责任，精心策划，从言论最多的儒生堆里下手，极力向元帝推荐当时有大名士贡禹，让贡禹当上了御史大夫还处处对他恭恭敬敬，这样一来儒林中反而对石显交口称赞，说他举贤任能，让他博得了一个好名声。
萧望之死后，元帝知道萧望之死的冤枉，把自己的另一个老师周堪加了官，周堪的学生张猛也予以提升，张猛是张骞的孙子，很有才华，而周堪又是萧望之的好友，石显自然视为异已，极力排斥。有回张猛送呼韩邪单于侍子返回匈奴，按当地习俗与单于饮血为盟并订立了汉与匈奴世世和好的盟约，石显却借题发挥谮毁张猛擅自行事，使张猛差点丢官送命。
有段时间，石显为了巩固自己的地位，想结交外戚，提出建议说：“冯皇妃的哥哥冯逡精明能干，应当在朝中参与机要。”元帝一听马上召见冯逡，没想到
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