又称“最为完善”之作。但它作为一部官修的正史，其缺点也是显而易见的。
例如：清人（後金）在建国之前曾臣服於明朝的事实，清入关之後南明诸朝廷（弘光、隆武、绍武、永历……）等长达20多年的历史，《明史》都隐讳未书。康熙皇帝原已批准将福王、唐王、鲁王、桂王附在思宗本纪内，而康熙五十年爆发了南山案後就被禁止写入了。
赵翼作《廿二史札记》，已对《明史》中的缺失有所评论，只是出于对官修正史的顾忌，未敢加贬斥之辞。近世史学家柴德赓教授曾经指出：“如‘周延儒之入奸臣传’一题下，应加‘不当’二字，才与内容符合，但却从略。‘刘基廖永忠等传’条，下未接‘疏舛’二字，‘乔允升刘之凤二传’下未接‘重复’二字，此正所谓其不敢贬斥者也。”1赵翼原文虽然委婉，《周延儒之入奸臣传》中亦云：“周延儒不过一庸相耳，以之入《奸臣传》，未免稍过。..此非以甚延儒之恶，转为延儒增其身份也。”《刘基廖永忠等传》一篇，则论其述史之不确。以朱元璋征陈友谅一役，《太祖纪》记：“戊戌，克安庆。壬寅，次湖口，败友谅于九江，克其城，友谅奔武昌。”《陈友谅传》所记略同。《廖永忠传》加至安庆，破其水寨，遂克安庆。总之皆称先克安庆，后克九江。而《刘基传》中却记，师攻安庆，自旦及暮不下，刘基请径趋江州，捣其巢穴。按此说则江州之陷前，安庆未克。所记不合。与此相类，《张玉传》记东昌之役，成祖被盛庸军包围，力战而出。张玉不知，突出阵中欲救成祖，力战而死。而《朱能传》却称，成祖被围，张玉力战而死，朱能率周长等力战，救成祖出。张玉究竟死于成祖突围前还是突围后，二传所记不合。事虽并非关键，但确为述史不严谨之失漏。
《明史·卓敬传》记卓敬之被杀，称成祖欲活之，但功臣姚广孝与卓敬有隙，从旁进言劝杀。此乃据明人野史杂传，考其史实，广孝实未从成祖之1 柴德赓：《史籍举要》。
师入南京，亦无从谗杀卓敬。《明史》记建文遗臣之事，为表彰忠义，较多搜罗，野史传闻亦有所采用，难免有误。
四川廖麻子、曹甫起义，曹甫之被杀所记亦有抵牾之处。《洪钟传》记其为廖麻子所杀，《林俊传》则记曹为指挥李荫所擒杀。
《乔允升传》记崇祯皇帝在位十七年，刑部易尚书十七人，并一一列举易人之事。《刘凤之传》中亦有此段文字，并且一字不改照录于传中。此二传一在卷二五四，一在卷二五六，相隔只两卷，不及订正。“盖卷帙繁多，纂修诸臣不暇彼此参订也。”1至于书中此类错误不足之处更多不胜举，故史家多作考证文字。