朝实录也不完整，天启朝实录缺少七年以后部分，崇祯朝因亡国而无实录。如此种种，也限制了《明史》修纂工作的进展。
修纂第二阶段
直到“三藩之乱”基本平定之后，清廷才有力量集中人力物力正式动手修纂《明史》，其间已历时三十五年之久。真正动手修史，是康熙十八年以后的事。康熙十七年（1678年）诏征博学鸿儒，次年三月，试博学鸿儒一百四十三人于体仁阁，取一等二十人，二等三十二人，命纂修《明史》，从这时候起，正式动手修纂《明史》的第二阶段即告开始。
康熙年间修《明史》者，可谓人才济济。有当时的著名文学家朱彝尊、尤侗和毛奇龄等人。但出力最多的是清初著名史家万斯同。这里，应当提一提我国史学史的一段公案。原来，明清之际，有一些明朝遗臣和反清志士十分重视明史的研究。杰出思想家黄宗羲曾编《明文海》四百多卷，并著有《明史案》二百四十卷；顾炎武也辑存有关明朝史料一两千卷。清朝统治者入关后，为笼络明朝遗臣、社会名流，曾有意开博学鸿词科。黄、顾等人虽坚持不肯与清廷合作，但为着保存明朝真实史迹的目的，仍派出了得力助手参与明史的编纂。黄宗羲的得意弟子万斯同，便是当时被委派参加明史的编撰人之一。黄宗羲的儿子、顾炎武的外甥，也都参与其事。这样，就相应地保证了明史的质量。万斯同是一位出色的史学家。清初著名学者钱大昕曾评论他：“专意古学，博通诸史”，熟于明朝掌故，对自洪武至天启的“实录”，皆“能暗诵”，了如指掌。他先后编写和审定两种明史稿。各有三百和四百多卷。因此，可以说，《明史》的初稿，在万斯同时代已基本上完成了。万斯同死后，先后三次任明史总编的王鸿绪，把万氏的明史稿进行了改编，于康熙末年和雍正初年两次向皇帝进呈。这便是王氏《明史稿》本。王氏此举曾引起当时和后来文坛的非议和责难，史学家们一致认为王鸿绪实际上是掠夺了数十年来以万斯同等人为主力的几十个学者的劳动成果，属于剽窃行为。
修纂第三阶段
到雍正元年（1723年）正因为康熙十八年（1679年）博学鸿儒科及其修纂《明史》只是康熙皇帝的一种政治手段，所以其结果也必然会时重时轻，迁延时日，前后用了将近五十年时间，直到康熙皇帝病逝，雍正元年（1723年）仍然未能完成这部官修的前朝史。但是，这时的情况与顺治二年（1645年）下诏初修时已经大不相同。除了政局稳定，经济也逐渐恢复，到康熙后期更出现了繁荣盛世，这些都为《明史》的修纂工作提供了良好条件，无论从人力物力还是资料的征集方面，都是前
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