朱常洛此时已着意安排后事，将皇长子交由阁臣小心辅佐，又问起自己的陵墓的营建事宜。在安排好一切之后，朱常洛问："有鸿胪寺官进药，何在？"方从哲说："鸿胪寺丞李可灼自云仙丹，臣等未敢轻信。"朱常洛自知命在旦夕，遂抱着试一试的想法，命李可灼入宫献药。到中午时分，李可灼调制好一颗红色药丸，让皇帝服用。朱常洛服完红丸后，感觉还好，让内侍传话说："圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。"傍晚，朱常洛命李可灼再进一粒红丸。
尽管御医们都表示反对，但是朱常洛坚持要再服一颗。于是，李可灼再让皇帝服用了一颗红丸。服后，朱常洛感觉安适如前，没有什么不良反应。然而，次日（九月初一）五更，朱常洛便死去。于是，廷臣纷纷议论，指定李可灼、红丸是致皇帝暴毙的罪魁，而且还牵涉到方从哲。不过，平心而论，方从哲、李可灼对于朱常洛服药，本就是抱着一试的希望，对于朱常洛的死并不要负什么责任。后来，内阁大学士韩将进药的前后始末详细地在给熹宗的奏疏中说明，才使方从哲摆脱了困境。红丸，其实与嘉靖皇帝当初服用的红铅丸类似，是用妇人经水、秋石、人乳、辰砂调制而成，性热，正好与当初崔文升所进的大黄药性相反。本就虚弱的朱常洛，在最后的岁月连遭性能相反而且猛烈的两味药物的折腾，岂能不暴毙而
朱常洛的暴毙，使他次年改元泰昌的想法无疑变成了一个泡影。但是，在位一天的皇帝毕竟也代表着一个时代。因此，大臣们决定：万历四十八年（1620）农历八月初一日朱常洛正式即位到年底，为泰昌元年。移宫一事，前后有过两次。一次是大臣们逼郑贵妃搬出乾清宫；一次是大臣们逼李选侍搬出乾清宫。
前面我们已经说过，无论是郑贵妃，还是李选侍，都是有野心的女人。明代的制度，外廷有皇极殿，内宫有乾清宫，都是属于皇帝、皇后专用的。但是，郑贵妃借口侍奉神宗住进了乾清宫。朱常洛正式即皇帝位之后，仍然可笑地居住在当初做皇太子所住的慈庆宫内。这种本末倒置的事情，在秉性懦弱的朱常洛看来，竟然可以容忍。直到崔文升进药事件发生以后，由杨涟、左光斗出面，郑贵妃才在八月二十一日被迫搬出乾清宫。但是，郑贵妃搬出去后，李选侍却随着朱常洛住进了乾清宫。
朱常洛自万历四十一年（1613）皇太子妃郭氏死后，没有再立妃子，身边只有才人、选侍、淑女侍候。其中有两名选侍，一居于东面，一居于西面，故分别称作东李、西李。东李地位较高，西李比较受宠于朱常洛。所以，朱常洛将失去生母的长子朱由校交由西李抚养，五子朱由检则由东李抚养。跟着
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