。当时英宗长子才3岁，无法胜任军国大事；监国的朱祁钰，是英宗的异母弟，22岁，年富力强。于谦及百官与皇太后商议，拥立朱祁钰为帝，稳定了混乱的局势。
第二，力排南迁之议，保卫北京。翰林侍讲徐有贞等人想要南迁以避兵锋，于谦坚决反对，认为一旦南迁则北京、九边都将不保。在于谦的力争下，景帝下定决心保卫北京，并把守城的重任交到于谦身上。土木之变，英宗所率 50万京师劲旅皆没，北京只剩下不到10万老弱病卒。于谦招勤王兵，整饬军务，列兵九门，亲自督战，破瓦剌军，成功地保卫了北京城。
第三，社稷为重君为轻。也先以英宗为奇质，逼迫明廷就范，漫天要价。于谦认为社稷为重君为轻，主战不主和，使得也先奇货可居的愿望没有实现，维护了明朝的利益。英宗通过夺门之变重登宝座的当天，就传命在朝班中逮捕于谦。论刑当凌迟处死，籍没家产。英宗颇为犹豫，认为"于谦实有功"，不忍心杀害功在社稷之人。
此时，参与夺门之变的徐有贞提醒说："不杀于谦，此举为无名。"那意思就是说，如果不杀于谦，你就是得位不正，没有合法性。这样英宗才下决心杀于谦。于谦被杀，可能始终是英宗心中不可解开的一个心结。于谦死了以后，蒙古又开始屡屡骚扰明朝北方边境，英宗计无所出，只是忧心不已。
有一天，恭顺侯吴谨趁机在旁进言："如果于谦还活着的话，一定不会让敌人如此猖狂。"英宗听了，默默无语，也不怪罪吴谨，想必其内心肯定会起波澜的吧！英宗复位后，陈汝言继于谦为兵部尚书，不到一年，因事获罪，抄家时缴获赃物巨万。英宗召大臣去看，很伤心地说："于谦在景泰朝深受信用，死的时候却家贫如洗。陈汝言贪得也太多了吧！"于谦抄家之时，家无余赀，只有正门锁得紧紧，打开一看，却都是景帝所赐的蟒衣和宝剑。故而英宗如此感叹。于谦诗文亦佳，《石灰吟》被认为是他人生的写照：
千锤万击出深山，
烈火焚烧若等闲。
粉骨碎身全不怕，
要留清白在人间。
英宗自小受到良好的宫廷教育，本性也不坏，只因贸然出征，沦为阶下囚，不仅自身命运徒增波折，也使大明帝国陷入危机。不过，也许正是由于被囚、被禁的经历，使得英明剔红楼阁人物圆漆盒宗对命运多了几分敬畏，对人命多了几分尊重，对世事多了几分理解。于是在他复位之后，就做了几件颇为史学家所赞赏的好事。其中一件就是前面文中所提及的恢复宣宗废后胡氏名号之举，并使之葬礼如仪。第二件就是释放建庶人，建庶人指的就是建文帝之次子朱文圭。