的文人何乔远就持这种观点，"臣于南京见《太常寺志》，云帝（明成祖）为妃所生，而玉牒则为高后第四子。玉牒出当日史臣所纂，既无可疑。南（京）太常职掌相沿，又未知其据。臣谨备载之，以俟后人博考"。
明末清初的钱谦益和李清见到这样的记载也无法判断孰是孰非。钱谦益当时是南明弘光朝的礼部尚书，李清曾任大理寺左丞，二人利用职务之便，于弘光元年元旦利用祭祀孝陵的时机，悄然打开孝陵寝殿，"入视果然，乃信"。
还有一个证据。朱棣在即位之后，在南京天禧寺的旧址上翻盖新寺，取名大报恩寺，是为了报答马皇后的养育之恩。然而令人不解的是，寺中正殿的大门经常紧闭，外人无法看见里面元顺帝像的情况，有传闻里面供奉的其实是成祖生母妃。
还有的学者考证当年建文帝之所以先削周王，是因为周王与朱棣是同母所生，故削周王而去燕王羽翼。周王与朱棣的母亲不是马皇后，而有可能就是妃。
元主妃洪吉喇氏说。社会上更加流行的却是另外一种说法，即成祖生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元顺帝的第三福晋，是太师洪吉喇特托克托的女儿。元顺帝败，朱元璋入大都（今北京）见洪吉喇氏貌美，就留在身边。然而她入明宫时就已经怀孕，所生的就是明成祖朱棣，所以朱棣即元顺帝的遗腹子。其实这只是民间的传说而已。徐达攻陷大都是至正二十八年（1368），而朱棣生于至正二十年（1360），两者相差达8年之久。这种情况可能由于朱元璋刑罚过严、朱棣杀戮过重，从而导致民情激愤，因而编造谣言以发泄胸中的不满情绪，以至于以讹传讹。
还有其他一些说法，比如说成祖是达妃所生，或元主妃不是洪吉喇氏而是翁氏，等等，但都影响不大。实际上，争论的焦点是成祖到底是嫡出还是庶出？以上看法都可以归纳到这个问题上来。朱棣非马皇后亲生而生母为妃的说法，经过明史专家李晋华、吴晗等人的精细考证，已为大多数学者所接受。在这里，可以提供一条可以佐证成祖庶出说的史料。成祖即位以后，禁止一切有关其夺位的史料，但他左右不了国外的史籍，而这条史料恰恰出自邻国朝鲜，其真实性是可以信赖的。洪武二十二年，朝鲜使臣权近一行曾在北平拜谒燕王，权氏著有《奉使录》记其事，其中有诗题云：
到燕台驿，进见燕府。先诣典仪所。所官入启，以是日先太后忌日，不受礼。命奉嗣叶鸿伴接到馆。七月十五日也。
此处"先太后"当是从汉制之称诸侯王母，显然指燕王自己的生母。诗题中明言太后忌日在七月十五日，而高皇后马氏的忌日在八月初十，显然不合。洪武二十二年，还不存在嫡
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