戮建文遗臣，成为他人生中无法洗涤的污点。
朱棣攻取南京后，对于那些不肯归附自己的大臣严加惩治，无所不用其极。建文帝削藩的主要谋士黄子澄，先被砍去双手、双腿，然后方将其杀死，齐泰亦被"族诛"。朱棣对抵抗最为坚决的铁铉非常愤恨，命人割下了他的耳鼻后才将其杀死，妻女充为官妓。礼部尚书陈迪和儿子等六人同日就刑，朱棣在行刑前将陈迪儿子的耳鼻割下煮熟让陈迪吃掉，并问味道如何。陈迪没有惧色，回答道"忠臣孝子的肉鲜美无比"，坦然就刑。
这些事件中，以方孝孺的"诛十族"最为惨烈。方孝孺是当时最有名的读书人，就连姚广孝也向成祖为其求情。成祖召方孝孺为其写即位诏，方孝孺坚决不从。朱棣以死相威胁，自己的性命不要了，难道还不顾及九族吗？方孝孺大义凛然，朗声回答"便十族奈我何"。成祖盛怒，将其灭门十族。自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从来没有诛十族的先例。方孝孺墓方孝孺一案，成祖可是开了先河，空前绝后。所谓十族，就是在九族之外将朋友门生牵连在内。
不久之后，朱棣又兴"瓜蔓抄"。景清在成祖登基后并没有马上殉节，而是委身于朝班很长时间。一天，他身穿绯衣，暗藏利刃，准备行刺朱棣。朱棣见其神色异常，命人搜身，得到利刃。景清当庭辱骂朱棣，不屈而死。朱棣命人将他剥皮实草，系于长安门示众，并令用铁刷子将景清的肉一层层刷下，还把骨头打碎。他还不解气，将其灭族，街坊邻居也受到了牵连，后来乃至于和景清稍有些关系的人都被杀，犹如瓜之蔓，牵连甚广，许多无辜的人惨遭横祸。
成祖朱棣对建文旧臣的杀戮前后长达十余年，在晚年时法禁犹严，直到仁宗朱高炽即位后这种情况才得以改变。成祖实行这种近于疯狂的严法酷刑，一方面与其个性有关，但更为本质的原因则是内心的虚弱。他发动靖难之役，说到底是夺了侄子建文帝的皇位，在皇位继承的合法性上是要大打折扣的，这一点他自然心知肚明。因此，他希望能够用屠刀堵住人们的非议之口，并想尽办法证明自己是皇位的合法继承人。为此，他甚至不惜在生母的问题上做文章。
成祖的生母是谁，一直存在着争议，至今学术界未有定论。朱棣出生之时，正值天下大乱，群雄并起之际。朱元璋尚未建立明朝，而是忙于争夺天下，当时尚无朱棣生母的争论。等到朱棣夺位以后，关于他的生母是谁的问题突然敏感起来。自永乐时期以来，各种官方史书和野史上都对成祖生母问题有所记载和猜测。上个世纪以来，李晋华、傅斯年、朱希祖、吴晗"大明永乐年施"款铜鎏金佛像等一批知名学者都对这个问题进行了详实的研究。