然而没过几年，这段短暂而甜美的政治婚姻就宣告结束。洪武五年（1372），朱元璋颁布《洪武青花执壶铁榜文》，对文武功臣严加戒饬，严厉指责他们违法乱纪的行径。这可以看作是朱元璋对骄傲放纵的功臣的一种警告，也是他们关系紧张的一个信号。洪武八年（1375），朱元璋制作《资世通训》，洪武十三年（1380）制作《臣戒录》，警告大臣们如果对天子不忠、逾越礼制，将受到严惩。这些功臣们也许没有意识到，朱元璋已经将屠刀举起。
廖永忠是最早被杀的功臣。廖永忠在很多战斗中立有功勋，特别是在鄱阳湖之战中殊死战斗，建国后被封为德庆侯。洪武八年（1375），朱元璋以其私自穿着绣有龙凤图案的衣服逾制为由将其杀死。其实这只是借口，真正导致廖永忠丢失性命的原因在于一个政治隐秘，当年正是他执行了朱元璋谋杀小明王韩林儿的任务。在他之后，朱亮祖、李文忠、徐达先后死于非命。
通常而言，开国皇帝与功臣之间产生矛盾不乏先例，关键是皇帝如何化解这种矛盾。汉代的刘邦心存猜忌，大杀功臣；唐太宗李世民气量宏大，处理较为妥当；宋太祖赵匡胤则采取了另外一种模式，即"杯酒释兵权"，和平解除功臣的兵权。朱元璋的情况与刘邦有些相似，却又不同。帮助朱元璋打天下的功臣，多是他的同乡，甚至汤和与周德兴还是他的同村，是幼时游戏的玩伴。正是这些人在战斗中出生入死，东征西讨，为朱元璋夺得天下。待到朱元璋登基成为皇帝后，他们之间却有了君臣的名分，凡事不可逾制。这些功臣心里也许难以及时适应这种改变，而朱元璋却是一个多有顾忌的君主，矛盾于是不可化解。朱元璋之所以大开杀戒，史家通常认为是他为继位者扫清障碍，永保大明江山。据史书记载，太子朱标对他大开杀戒不以为然，曾数次劝谏。一次，朱元璋命人找来一根长满尖刺的荆棘放到朱标面前，让太子朱标去拿，朱标畏惧不敢伸手。于是朱元璋就对自己大杀文武功臣进行解释："汝弗能执与，使我润琢以遗汝，岂不美哉？今所诛者皆天下之险人也，除以燕汝，福莫大焉！"意孝陵神功圣德碑思就是说，我杀人就是像去掉荆棘上的尖刺一样，这样你将来才可以安坐天下。可是，他在为子孙扫除障碍的同时，也埋下了祸根。后来，他的孙子建文帝锐意削藩，燕王朱棣立即起兵"靖难"，夺取天下。假使当时蓝玉等能征惯战的开国功臣还在，朱棣未必敢兴兵，建文帝也不用"逊国"了。
朱元璋不仅屠戮功臣，也注意严肃整顿吏治。这与他来自底层，看到元朝因吏治腐败导致灭亡的教训有关。他在明初实行以猛治国的政策，认为乱世须用重典，法
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