上“入不了流”，但他还要在日本政界、军界起作用。不久，内田良平果然显示了他的力量。1902年，日本海军省、陆军省在讨论由谁来出任日本驻俄武官问题上出现了不同意见。明石元二郎海军省主张派明石元二郎，而陆军省另有人选，两派相持不下。与内田良平交往颇深消息传出后，内田良平马上以黑龙会首领的身份要求任命明石元二郎。陆军省的那帮战争狂人也都不是等闲之辈，对内田良平的提议开始并不买账。内田良平不动声色地说：“如果陆军省不听从我的建议，黑龙会以后就不再与陆军省合作，也不再向陆军省提供情报了。”这一招果然厉害，谁都知道黑龙会、玄洋社谍报方面的“能耐”，结果陆军省权衡一番后，终于妥协。明石元二郎高兴不已，赴任前专程拜访了内田良平，以示感谢，内田良平建议他在莫斯科和彼得格勒等地广交俄罗斯朋友，特别是利用当前俄国政局不稳，人心不定的有利时机，结识俄国内部反对沙皇的政治势力，并用武器和资金支援他们。然后从他们那里套取俄国政治、军事情报。明石元二郎到了俄国之后，依计而行，果然获得不少极有价值的情报。内田良平以此之功，获得日本军部高层人士的赞赏。
为准备对俄作战，黑龙会还出资办了四所专门学校，对学员分别教授俄语、汉语、朝语、间谍、国际关系等课程，以培养战时急需之才。内田良平还亲自参与绘制《俄国经营东方全图》，为日军对俄军作战提供了准确的地形资料。日俄在中国东北的正面冲突，眼看就要爆发了，但头山满、内田良平觉得日本内阁对俄政策不够强硬，就带几名打手走访桂太郎首相和伊藤博文外相，威胁他们要尽力促成对俄开战。开始桂太郎和伊藤博文还想敷衍，头山满只是向他的那几个打手意味深长地笑了笑，打手会意，冷眼盯着桂太郎，扬言谁不听劝，就揍谁一顿，伊朗博文和桂太郎知道惹不起黑龙会，当即表示接受他们的意见。