监察、作战试验与评估等部门，分别由副国防部长、助理国防部长、主任、局长或部门长等主管。
军事系统包括陆军、空军，海军，特殊作战，战略力量共五个军种的军事作战司令部。
各军种司令部负责本军种的行政管理、教育训练、武器装备研制和采购及后勤保障等事务，并有责任在战时向各联合作战司令部提供作战部队及相应的勤务和后勤支援，但无作战指挥权。
各司令部总司令是本军种最高军事长官。
作战指挥系统指总参谋部和国家指挥中心。
总参谋长既是总统、国防部长、国家安全委员会的军事咨询顾问，也是总统和国防部长向联合司令部和特种司令部发布作战命令的军事指挥机关的长官。
从某种意义上讲，国防部是总统的军政部门，而总参谋长是总统的军令部门。
参谋部成员包括总参谋长，副总参谋长，五大军种总司令和参谋长，军事情报总局局长。
总参谋长是南华联邦最高军事长官，是总统和国防部长的首席军事顾问。
总参谋部下设的联邦军事指挥中心，负责处理日常事务，作战指挥及情报业务，是真正的军事大脑。
南华联邦设9个军区司令部和首都特别军区司令部，它
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