里长的深水航道与外海相连，港区面积30平方公里。
港区岸线长3275米，最大水深为12.8米。
港口有25个泊位，设有糖、矿石、煤、钢材、石油和集装箱等专用码头，装卸设备有各种岸吊、可移式吊、集装箱吊、重吊、装船机、输送带及拖船等，其中岸吊最大起重能力为60吨，重吊达80吨，拖船的功率最大为2350kw。
港区有散杂货堆场容量达43万吨，集装箱可储存1300标准箱，油罐容量为20万吨。
装卸效率：谷物每天2900吨，煤炭每天装5000吨，糖每天卸1万吨，年吞吐能力为1200万吨。
港内有铁路同向南非、津巴布韦和斯威士兰。
马普托港转口区的港口管理不善，设备老化失修，加之周边国家过境货物锐减，使该港口的使用率仅为40%，原来可停靠6万吨级船，现在只能停靠3万吨级船。
2.贝拉港
位于莫桑比克中部，年吞吐能力为500万吨，是莫桑比克的第二大港口，有10个泊位，水深8－10米，码头总长2000多米，设有矿石和糖等专用码头，可容纳5万吨级货轮。
港内铁路通往津巴布韦和马拉维，现进港航道淤积严重。
目前贝拉港只有一艘挖泥船，挖掘能力为1000立方米，要保持进入港口的航道深度达到8米，挖掘能力需达到2000立方米，需要一艘挖掘能力为1000立方米的挖泥船。
3.纳卡拉港
位于莫桑比克北部，年吞吐能力为80万吨，是莫桑比克第三大港口，有6个泊位，水深7－15米，码头总长723米。
港内铁路通往马拉维。
另有伊尼扬巴内、克利马内市和彭巴、安戈谢等七个中小港口，规模均很小，只能停靠万吨级海轮。
对此，由于独立时南华联邦对莫桑比克的巨大贡献，南华联邦政府与莫桑比克政府协商--允许在南华联邦注册的公司对港口实施改造和增添设备，莫桑比克政府以港口的租赁费作为担保。