鲸类研究所组织的调查捕鲸每年进行两次，地点分别在南极海域和太平洋西北部。
一般情况下，出发前船长怀里都揣着一张由日本政府明文规定捕鲸数量、种类、活动地点等的具体批令。
鲸鱼的活动繁盛期一般在温暖的季节，因此，每年的春夏两季，日本鲸鱼调查船队满载200多名所谓的调查队员，浩浩荡荡地从日本山口县的下关港驶向太平洋西北部，巡游在鲸鱼频繁出没的北纬35度线以北和东经170度线以西的日本沿海。
在这个时期，100多头小须鲸、50头埃氏鲸和10头珍贵的抹香鲸将死在捕鲸铁炮之下。
此后由科学家对鲸鱼胃部进行解剖，研究该海域生息的生物种类和数量。
而到了11月至次年3月，太阳南移，调查船又直下南极海域进行调查捕杀，将几百头小鲸陆续吊上母船，对其年龄组成、栖息特征、繁殖体系和出生、死亡率等进行研究。
由于太阳日照相继对南北半球的偏爱，调查船队也跟着南北奔走，这样一年中日本的捕鲸活动可谓忙个不停，尽管与半个世纪前相比捕鲸量已大大减少，但由于频繁的所谓调查活动，日本人一年到头常能在餐桌上见到美味的鲸肉。
为了掌握鲸鱼的游动规律、季节规律，日本还为此投放了卫星技术以便捕捉。
科学家先用气枪，把椰子大的电子跟踪标志，远距离射到鲸鱼身上，然后通过空中卫星对标志的跟踪，收集鲸鱼游水深度、迁徙路线等数据。
在全世界，卫星技术被普遍应用于研究鲸鱼迁徙路线规律，以人力保护鲸鱼的存活，但日本使用卫星技术，却是为了更方便地捕捉它们。
在整个调查过程中，有两种人是最活跃的，他们是少数炮手和上百名的研究人员。
当今的捕鲸已远离木船拉网铁叉式的古老捕鲸时代，而沿用铁炮射杀，再由连结弹头的铁链拉回的欧式捕鲸法，因此，在与鲸鱼之间展开的紧张追逐中，炮手不仅应是一名神炮手，他更要指挥船速和方向。
由于炮手的地位重要，他往往身兼船长之职，因为炮手发挥是否出色常常决定了捕获的多寡。
捕获船队捕鲸，首先由探鲸船在海上搜索，发现鲸鱼以后，通知
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