督教地中海的海岸地区带来灾难，尽管战役的结局很辉煌，但胜利实在是侥幸所致。
如果战役失败，又没了可供防御作战的舰队，地中海的所有主要岛屿——马耳他、克里特、巴利阿里群岛都将迅速落入敌手，这些岛屿是威尼斯的最后一道防线；然后土耳其人就能够以这些岛屿为跳板，进攻意大利腹地，一直打到罗马，也就是苏莱曼的最终目标。
如果舒鲁奇·穆罕默德成功地消灭了威尼斯那一翼；如果重武装的加莱赛战船没能打乱阿里帕夏的中军；如果还乌卢奇·阿里能够早一个小时穿透多里亚的战线……整个南欧的版图将与今天大相径庭。
马耳他战役对奥斯曼人的遏制和勒班陀的胜利，阻断了奥斯曼帝国在地中海中心的扩张。
而对拿下君士坦丁堡再也不抱希望的西班牙殖民帝国，却将目光转向了东方。
在不久的将来，西班牙与葡萄牙两大先驱级殖民帝国就将共戴一君，联合向东方掀起新一轮的扩张，而这正是高务实将来“走向蓝海”所必须面对的挑战。
当然，这还只是勒班陀战役在政治意义上的影响，在单纯的军事意义上，它也有同样至关重要的影响：勒班陀战役是世界战争史上，排桨战船的最后一次大规模使用。
在勒班陀战役后，人们不再争论风帆战舰和排桨战舰的优劣，开始完全以风帆战舰作为舰队主力出战。人们已经确信以风作为动力的船只更具战斗性能。此外，人们也确信了火器在海战中的重要性。这使欧洲舰队开展出了以火炮为主力的战术，影响了海战发展。
唯一的好消息是，西班牙由于毕竟赢得了勒班陀战役的胜利，对于舰载火炮——尤其是远程重炮的重视依然不够，这在很大程度上导致了后来无敌舰队惨败给英格兰的悲剧。
但是，这对于大明而言倒是个好消息，至少高务实认为，最起码自己到时候不必直面最强大状态的西班牙。
英格兰的童贞女王陛下，你可别让我失望……把西班牙和葡萄牙打得更惨一点吧！