叛军在粤、闽、赣、浙四省边界的胜利，使朝廷大为震惊。嘉靖皇帝震怒之极，急诏命诸道会师，令提督两广侍郎张臬、总兵平江伯陈圭等调集军队。嘉靖四十一年二月，张臬奏请借调广西“狼兵”十万，与广东、福建、江西官军会合，共调集了三十万大军。
六月，抗倭名将刘显、俞大猷分别奉诏领命，率官军兵分六路围剿“飞龙国”叛军。七月，胡宗宪兼制江西，获悉飞龙军几乎倾全部兵力出战，柏嵩关大本营兵力空虚，便命俞大猷急击。
俞大猷对此决策颇为赞同，谓：“宜以潜师捣其巢，攻其必救，奈何以数万众从一夫浪走哉？”（见《明史•列传•俞大猷》）。于是俞大猷亲率主力一万五千人，迅速奔袭、并登上柏嵩关最高峰处观察地形，他见叛军兵营依山环列数里，加之山上草木旺盛，宜以火攻。
俞大猷能与戚继光并列，且享有“俞龙戚虎”这般的美评，自然不是易于之辈，他指挥官军把扼下山各个路口，点火烧山，顷刻烈火肆虐，数百座军营被火吞没，朱城黄屋也化为灰烬。接着他又挥军上山，将留守叛军官兵乃至从贼家眷等一通好杀。
张琏得报老巢丢失，急忙回师救援，但俞大猷早有预料，因此他在返程途中又遭俞大猷伏兵而大挫。尔后，按察副使冯皋谟采用攻心战术，派官军到各路叛军营寨，以喊话、射传单、发恳恻票（投降凭证）等方式动摇军心。大明正统毕竟深入人心，因此这种办法颇有效果，有几个中级军官（江满清、李逢时、郭玉镜）悄然叛变，俞大猷又命其返营作内线。不数日，俞大猷计诱张琏出战，叛军再次遭受重创，一千二百多张琏军主力被当场斩杀。
嘉靖四十二年，罗袍再次率叛军由箭竹隘（隘岗上）进攻永定县城，攻城时适逢大雨滂沱，河水猛涨，无法渡过，撤走时又遭官军包围攻击，又是一场惨败。
林朝曦见二路主力均被打败，本部力量损失过半，便约河源另支叛军首领黄积山一同反攻，官军斩杀黄积山，后来林朝曦余部在阴那山一带被明将徐甫宰所率官军消灭。
至此，张琏三路叛军均在大明
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