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而在学术上，高拱则是明代实学思潮的先驱者。嘉、隆、万三朝本是阳明心学和经世实学的勃兴时期(虽然心学逐渐变味了)。但高拱通过批判此时心学空虚寡实之弊，全面阐发了其实学思想，即“天地之间惟一气”的元气实体论，提出“在天有实理，在人有实事”的实理实事论，“事必求其实”，“虚心以求其是”的求实求是论，“官修实政而民受实惠”的实政实惠论。他的实学思想对明清之际整个实学思潮的鼎盛也产生了不小的影响。从宋元明清气学发展得高度来看，高拱既是明代气学阵营的重要代表，也是构成从张载到王夫之气学发展的中间环节，具有非常重要的承上启下历史地位。
而且高拱绝非一个只提理论而短于实践的理论学者，他是一个非常有能力的实干派。尤其是高拱在隆庆后期职掌吏部继又提任首辅后，针对嘉靖中期以后的诸多弊端，大刀阔斧地进行了一系列改革。
在吏治方面，实行进士举人并用，破除举官舞弊陋习，创建人事档案，建立任官梯队，完善地区回避制度，州县正官年轻化，精简机构，健全考核制度，打击行贿受贿等。
在军事和边政方面，破除兵部“一尚二侍”旧体制，建立“一尚四侍”新体制，兵部司官精选久任，选拔边才充实兵部司属，建立边帅休假之制等。
这些改革很快取得了显著功绩：在西北迫使俺答称臣纳贡；在东北取得辽左大捷；在西南和平解决安氏内乱；在南方取得“岭寇底宁”之效等等。
而在法治方面，高拱也有上佳表现。他督令观政进士讲求律例，实行刑部司官久任之法，强化州县正官问理刑名之责，弭盗安民，严惩酷吏，平反重大冤案等。
在理财方面，高拱加强钱粮官员的任用，完善税粮征收措施，推行清丈改革，实施一条鞭法(这功劳
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